De nombreuses espèces endémiques de Corse et de Sardaigne sont présentes sur l’ensemble du site, depuis les falaises jusqu’aux sommets.
L’armérie de Soleirol, endémique de Corse présente sur la façade occidentale de l’île, associée au seseli précoce (autre endémique), pousse dans les anfractuosités des falaises, en des lieux inaccessibles à l’homme. Le séneçon à feuilles de marguerite s’y plaît également.
Sur les terrains moins pentus, une végétation buissonnante à myrtes, lentisques et euphorbes arborescentes abrite un très beau lys sauvage, le pancrace d’Illyrie, aux fleurs si élégantes. Plus haut, c’est le maquis dense où s’épanouissent arbousiers, bruyères arborescentes et cistes, végétation de reconquête après l’abandon des activités pastorales.
L’îlot Gargalu abrite une très belle population de lavaterre maritime, espèce protégée très rare en Corse et en France, aux belles fleurs blanches ornées d’un cœur rouge sombre.
En mer, un trottoir d’algues encroûtantes marque la limite des eaux sur les falaises battues par les vagues : cette formation très originale est très fragile. En dessous prospèrent de beaux herbiers de posidonie et des formations d’algues très diversifiées, liées à la complexité des fonds marins.